# NutriCheck
## Description
**NutriCheck** est un pipeline conçu pour évaluer la comestibilité d'une bactérie à partir de son génome annoté. Il s'appuie sur des analyses de toxicité potentielle, de valeur nutritionnelle et de digestibilité. Le pipeline compare les résultats obtenus à un ensemble de données d'entraînement comprenant :
- 11 témoins positifs (bactéries présentes dans notre alimentation).
- 9 témoins négatifs (bactéries pathogènes).
Le pipeline utilise **Snakemake** et nécessite en entrée une séquence d'ADN au format FASTA.
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## Fonctionnement
### Étapes principales
1. **Annotation génomique avec PGAP**
- L'utilisateur fournit une séquence d'ADN au format FASTA et le nom de l'organisme.
- Le pipeline génère une annotation génomique complète via le **NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP)**.
- Le fichier résultant, `annot_cds_from_genomic.fna`, contient les régions codantes annotées nécessaires pour les analyses suivantes.
2. **Analyse de la toxicité avec GeNomad**
- Le script traite le fichier FASTA annoté pour en simplifier les en-têtes et générer un fichier FASTA formaté.
- **GeNomad** est ensuite exécuté pour détecter les éléments génétiques mobiles (plasmides, virus).
- Résultats principaux :
- Si des éléments génétiques mobiles sont détectés, l'organisme est considéré comme potentiellement non comestible.
- Si aucun élément mobile n'est détecté, l'organisme est potentiellement comestible.
3. **Recherche de gènes de résistance avec AMRFinder**
- **AMRFinder** identifie les gènes de résistance aux antibiotiques.
- Les résultats sont enregistrés dans `output_amrfinder.txt` et interprétés pour déterminer la présence de gènes toxiques.
4. **Analyse phagique avec VirSorter**
- **VirSorter** analyse le fichier FASTA pour identifier des séquences phagiques ou des prophages potentiellement présents.
- La présence de phages indique que la bactérie n'est pas comestible, ce qui constitue un critère crucial dans l'évaluation de la sécurité alimentaire.
5. **Analyse de la nutritivité par calcul du CAI**
-
6. **Analyse de la digestibilité par calcul du taux de GC**
-
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## Utilisation
### Prérequis
Installez **Snakemake** via la documentation : https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/getting_started/installation.html
### Commandes
1. **Lancer le pipeline**
Positionnez-vous dans le répertoire contenant le fichier `Snakefile` et exécutez :
```bash
snakemake
```
2. **Entrées nécessaires**
- Un fichier FASTA contenant la séquence d'ADN.
- Le nom de l'organisme associé à la séquence.
3. **Résultats principaux**
Les résultats finaux incluent :
- Un tableau synthétisant les informations obtenues pour chaque génome analysé. Ce tableau inclut les colonnes suivantes :
ID : Identifiant du génome analysé.
Nombre de plasmides : Nombre de plasmides détectés dans le génome.
Nombre de virus : Nombre de virus/phages identifiés.
AMR : Indication de la présence ou absence de gènes de résistance aux antibiotiques (Antimicrobial Resistance, AMR).
Taux purine : Proportion des bases purines (A et G) dans le génome.
Distance par rapport à l'oeuf : Une métrique de distance calculée par rapport à un génome de référence spécifique, celui de l'œuf.
- Évaluation de la comestibilité.
- Sorties détaillées des outils (fichiers d'analyse et rapports).
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## Auteurs
- Développé par : Thomas GAGNIEU, Mathieu GUIGARD, Thibaud GUIRAMAND, Kessen POITOU
- Contact : thomas.gagnieu@etu.univ-lyon1.fr, mathieu.guigard@etu.univ-lyon1.fr, thibaud.guiramand@etu.univ-lyon1.fr, kessen.poitou@etu.univ-lyon1.fr
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